1762年，清政府设立伊犁将军，其主要职责是统领当地驻军及屯田、巡边等。清政府在乌鲁木齐地区实行与内地一致的州县制；对天山南部的维吾尔族聚居区，基本保留其原有的伯克统治制度。这些举措（